Préfailles est située sur la partie sud de la côte de Jade, à 25 km au sud de Saint-Nazaire et 55 km au sud-ouest de Nantes ; elle inclut la pointe Saint-Gildas à l'extrémité occidentale du Pays de Retz.

Les communes limitrophes sont La Plaine-sur-Mer au nord et Pornic à l'est.

Préfailles est une commune urbaine non polarisée , qui fait partie de l'agglomération de Saint-Brévin-les-Pins, ainsi que La Plaine-sur-Mer et Saint-Michel

La commune n'est parcourue par aucun cours d'eau et son relief est relativement plat, son altitude moyenne est de 5 mètres. L'est du territoire est traversé par plusieurs vallées notamment celle de Pasquin.

La côte est orientée au nord-ouest puis au sud, de part et d'autre de la pointe Saint-Gildas ; c'est une côte rocheuse, relativement découpée, comprenant une succession de plages séparées par des zones rocheuses, qui a certain endroit, présente des falaises escarpées et dangereuses. La côte sud fait face à l'île de Noirmoutier et constitue l'entrée nord de la Baie de Bourgneuf.